はじめに
天然状態のタンパク質中に生ずるNon-bonded native contactは機能的に重要です。そこで、これらのコンタクトにおける局所熱エネルギーの輸送係数に基づいてアミノ酸のネットワークモデルを構成し、タンパク質の動作機構をしらべます。
酸素センサー
根粒菌のタンパク質FixLにおける酸素センサードメイン(FixLH)は、気体分子の結合シグナルをHistidine kinase domainに伝達します。われわれは酸素結合状態および非結合状態のFixLHのエネルギー輸送ネットワークグラフを比較し、酸素検出に関与するアロステリックな状態遷移機構を調べました。
Hidden Dynamic Allostery
PDZ3ドメインタンパク質はC末端のヘリックスを切除すると構造を変えることなくリガンド結合能を失うことがしられています。我々は天然状態とC末端ヘリックス欠損状態のPDZ3ドメインのエネルギー輸送ネットワークを比較し、ヘリックス切除がリガンド結合能を失わせる機構を調べました。